Es gibt Bäume, bei denen weder tomographische Verfahren noch Bohrwiderstandsmessungen eine eindeutige Einschätzung der Situation zulassen. In solchen Fällen werden Bohrkerne (5,15 mm Durchmesser) mit einem Hohlbohrer entnommen und fraktometriert.
Die Bohrkerne werden zunächst visuell Fäuleanzeichen und andere Auffälligkeiten untersucht. Auch der Geruch wird in die Analyse einbezogen. Im Anschluss werden mit dem IML Fraktometer II die Festigkeitseigenschaften des Holzes gemessen (Biegefestigkeit, Bruchwinkel, Druckfestigkeit). Aus den Messkurven lässt sich der Anteil an gesundem Holz an der untersuchten Stelle ableiten.
Wie bei den Bohrwiderstandsmessungen auch, können Kerne nur punktuell Aufschluss über die Holzqualität geben. Zudem ist die Entnahme nicht zerstörungsfrei.