Baumhöhlen sind oft Fortpflanzungs- oder Ruhestätten von besonders oder streng geschützten Arten nach §§ 44 und 45 BNatSchG. Wenn Baumpflegemaßnahmen an solchen Bäumen geplant sind, müssen diese Baumhöhlen vorher untersucht werden. Auch vor Baumaßnahmen, von denen Höhlenbäume betroffen sind, sind Höhlenuntersuchungen notwendig. Mit Hilfe eine einer Endoskopkamera können Innenaufnahmen von Baumhöhlen gemacht werden. Durch den Einsatz von Seilklettertechnik ist dies auch hoch oben am Stamm oder in der Krone möglich. Aufgrund von direktem Nachweis der Tiere oder deren Spuren können geschützte Arten nachgewiesen werden.